En 1896 Guayaquil enfrentaría el “Gran Incendio”, acontecimiento que consumió cerca de dos tercios del centro de la ciudad en las 30 horas que duró (Lee & Compte, 1993). Como resultado, 92 de las 458 manzanas registradas por el Municipio fueron consumidas, destruyéndose además 1103 casas y edificios de los 4256 existentes (Compte, 2007). Más de la mitad de la población de la ciudad (alrededor de 33000 personas) quedaron sin hogar, teniendo que establecerse temporalmente en los potreros de las quintas aledañas, al norte, y en la zona del Salitral del estero Salado (Carbo, 1900) (ver fig. 6). A pesar de ser un hecho devastador, tanto social como económicamente, Guayaquil reaccionó prontamente.
El Municipio convocó un Concurso de Proyectos Urbanos para la reconstrucción del área afectada, en el que el ingeniero Gastón Thoret, fue elegido para regularizar y prolongar la cuadrícula original, con la menor afectación económica a los ciudadanos, lo que consolidaría el plano urbano de la ciudad (Palacios Jara, 2014), uniendo definitivamente los asentamientos previos de Ciudad Vieja y Ciudad Nueva. La puntualización de este hecho es necesaria debido al impacto que tuvo sobre la trama de la ciudad, estableciendo la ocupación de nuevas zonas urbanas y contemplando además el relleno de los restantes ramales del Río Guayas y unos pequeños ramales del Estero Salado. Esta forma de habilitar terrenos urbanos se convertirá en una acción recurrente para el establecimiento de nuevos asentamientos, significando el sacrificio de los recursos naturales a favor del crecimiento de la ciudad.
Las vertientes aún existentes eran de gran ayuda para la evacuación de aguas lluvias en la temporada invernal, evitando así inundaciones. Es posible apreciar en el plano de Luis Carbo de 1900 la forma en que la ciudad rodeaba las zonas cercanas a los ramales.
En las primeras décadas del siglo XX, la totalidad de las penetraciones del río Guayas, desde el Cerro Santa Ana, hasta el extremo sur de la mancha urbana consolidada, habían sido desecadas, señalándose que la zona de las quintas, al norte, se habilitaría para usos urbanos hacia la década de 1930.